東西宗教交流学会は、第一回East-West Religions in Encounter国際学会(1980年ハワイ大学)に参加した土居真俊氏の発議により1982年に設立された。その後アメリカのSociety of Buddhist-Christian Studiesと協力しつつ学際的・国際的な活動を継続した。南山宗教文化研究所は、その設立精神である宗教間・文化間対話の実践活動として、第二代所長のヤン・ヴァン・ブラフト師以来この学会と深く係わっており、この学会の事務局を担当しつづけている。また、 同学会誌の『東西宗教研究』の発刊も、2002年から南山宗教文化研究所によって行われている。